Si tratta di due varianti, entrambe corrette.
I dizionari moderni mettono a lemma entrambe le forme del verbo ma rimandano perlopiù, così come per i derivati innaffiatoio e annaffiatoio, da innaffiare ad annaffiare; inoltre, alla voce innaffiare, il GDLI registra la variante antica scempia inaffiare. Dal punto di vista etimologico, i dizionari sono concordi nel presumere una comune derivazione delle due forme del verbo dal latino volgare inafflāre.
L’alternanza tra le due varianti è documentata già a partire dalle origini della nostra lingua. Innaffiare è la variante più vicina all’etimo latino, insieme a diverse varianti come inafiato, innafiata, ‘naffiare e la scempia inaffiare. Annaffiare è, invece, datato nel DELI al 1350 circa, mentre il sostantivo, in entrambe le forme, compare nell’italiano scritto a partire dal XVII secolo.
Le voci innaffiare e annaffiare fanno, dunque, il loro ingresso nella lingua scritta a distanza di poco più di cinquant’anni l’una dall’altra e continuano ad alternarsi nei secoli successivi. Tuttavia, sembrerebbe che a partire dal XVI secolo la variante con an– risulti la forma popolare più comune. La preferenza per la variante annaffiare è confermata anche dai più recenti strumenti lessicografici.